An itibariyle, bu suşun neden bu kadar agresif olduğunun ipuçlarını bakterinin genomunda arayan araştırmacılar, bir yandan da tıbbi laboratuvarlar için özel tanı kitleri geliştirmekle meşgul. Bu kitler uygulamaya geçtiğinde, enfekte olmuş kişi sayısı ve bakterinin kökeni konusunda daha çok bilgi elde edilmesi bekleniyor.

Salgın şu an için Almanya’yla sınırlı görünüyor. Diğer ülkelerdeki enfeksiyon vakalarının ise yakın süre içerisinde Almanya’ya ziyaret gerçekleştirdiği biliniyor. Neredeyse tüm vakaların ortak özellikleri, çiğ şekilde, domates, salatalık veya salata sebzeleri tüketmeleri.

Bakterinin gen dizilimi çözüldükten sonra ortaya çıkan veriler ise ilginç. Önceden STEC suşuna ait olduğu kabul edilen bakterinin gen dizisinde, yine başka bir hastalık yapıcı suş olan entero-agregatif E.coli genlerine rastlandı.

STEC suşu kanlı ishal sebebi olarak biliniyor. İlerleyen komplikasyonlarda bakteriyel toksinden kaynaklanan kan pıhtılarının kılcal damarlarda organlara zarar vermesiyle gerçekleşen Hemato-üreamik sendrom görülüyor. Entero-agregatif tür ise bağırsak çeperine yapışarak sulu ishal meydana getiriyor. Araştırmacılar STEC suşunun, entero-agregatif suşun strese karşı direnç özelliklerini alarak daha güçlü ve tehlikeli hale gelmiş olabileceğini bildiriyor.

Kaynak: Life Technologies

Haber: New Scientist

Bu alanda pek çok potansiyel sentetik ürünlerin denenmiş olmasına rağmen, çoğu bekleneni gerçekleştiremeyip hayal kırıklığına yol açmıştı. Ta ki geçtiğimiz hafta sentetik kan Avustralyalı bir kadını ölümden döndürene dek.

Tamara Coakley geçirdiği araba kazasından sonra Melbourne Hastanesine getirildiğinde, omurgası zedelenmiş, akciğerleri çökmüş ve kafatası çatlamış durumdaymış. Bunların yanında çok ciddi miktarda da kan kaybetmiş.

Durumun daha kötüye gidemeyeceğini düşündükleri bir anda, doktorlar, Coakley’e inançları gereği başka birinden kan nakli yapılamayacağını öğrenince, çareyi sentetik kanda aramaya karar vermişler.

İnek plazmasındaki bir molekülden türevlenmiş, hemoglobin bazlı bir sentetik oksijen taşıyıcı olan HBOC201′den 10 ünite, Amerika’dan Avustralya’ya uçakla getirilerek, Coakley’in tedavisinde kullanılmaya başlanmış. Beklenilenin aksine, Coakley tamamen iyileşebilmiş.

Bu, sentetik kanın bir tedavi şekli olarak kullanılabilmesi yönünde çok büyük bir gelişme. HBOC201′de alıcı verici tipleri uyumu aranmıyor, soğuk muhafazaya gerek yok ve rafta 3 yıla kadar bozulmadan bekleyebiliyor. Bu nitelikleriyle HBOC201, savaş alanlarında, 3. Dünya ülkelerindeki hastanelerde veya salgın hastanelerinde radikal değişiklikler yaratma potansiyeline sahip.

Elbette tek bir klinik vakada başarılı olmak yetmiyor. Herhangi bir sentetik kan adayı madde, kullanıma geçmeden önce çok ciddi testlerden geçiriliyor. Yine de Coakley vakası bu konuda doğru yönde çok büyük bir adım niteliği taşıyor.

Haber: Daily Telegraph

Sekizinci duvar kağıdımız: Polen. İndirmek için tıklayın (1920×1200 px)

2008 yilinda Pittsburgh Üniversitesi’nden Andrew Schwartz, iki rhesus maymununun, sadece beyinlerine yerleştirilen elektrodlarla kontrol ettikleri robotik uzuv ile kendilerini besleyebildiklerini yayınladığı makalesi ile, büyük yankı getirmişti. Schwartz’ın makalesinde öngördüğü, daha karmaşık yapıdaki günlük işleri yapmaya uygun olan ve insan eline daha çok benzeyen robotik uzuv, Amerikan İleri Araştırmalar Ajansı tarafından gerçekleştirildi.

Modüler Protez Uzuv, hafif karbon lifleri ve yüksek dayanıklılığa sahip alaşımlardan oluşuyor. 4.5 kilogramın altında ve kırılgan objelere zarar vermeden kavrama imkanı sunuyor. Proje başkanı Michael McLoughlin, “Elbette herşeyi yapamıyor ama insan el becerisine en yakın uzuv olduğunu söyleyebilirim” diyor.

Kolunu kaybetmiş engelliler üzerinde denenen prototip başarılı sonuçlar vermiş. Araştırmacılar, normalde kolu kontrol eden fakat engellilerde kullanılmayan göğüs kaslarının sinir uçlarını, robotik uzvu kontrol eden elektrodlara bağlayarak, deneye katılanlarda kısa sürede başarılı sonuçlar elde etmişler.

Haber: New Scientist

Kaynak: Thought-Controlled Prosthetic Limb System

Zygaena tırtılları, vücutlarında depoladığı siyanür ile aç kuşlara yem olmaktan kurtulabiliyorlar. Tırtılın ana besin kaynağı Lotus corniculatus (gazel boynuzu) bitkisi de bu zehri üretebiliyor. Bu bitkiyle beslenen tırtıl, zehirlenmek yerine siyanürü vücutta depolayarak kendine has bir savunma mekanizması oluşturmuş.

Kopenhag Üniversitesi’nden Birger Møller, yaptığı araştırmada siyanür ihtiva etmeyen farklı besin kaynaklarıyla beslenen tırtılların da bu zehri üretebileceği sonucuyla karşılaşınca, bu üretim sürecini daha yakından gözlemleyerek, bitkilerin ve tırtılların neredeyse aynı biyokimyasal mekanizmaları kullanarak birbirlerinden bağımsız olarak siyanür üretebildiklerini görmüş.

Evrimsel süreçte tırtılların, bitkilerden siyanür yapımı hakkında bilgiler içeren geni çalmış olabileceği olasığıyla ilgili, Møller; ilgili genlerin DNA dizilimlerinin kesinlikle örtüşmediğini söylüyor. Buna rağmen biyokimyasal yolakların, ve hatta siyanürün üretim sürecindeki moleküler aşamalarda rol oynayan enzimlerin bile aynı olduğu bulunmuş.

Hangi canlının bu mekanizmayı daha önce keşfettiği sorusu hala yanıtlanabilmiş değil ama farklı cinsler arasındaki etkileşimler bile evrimsel biyoloji dalında yakından incelenirken, farklı alemler arasında gerçekleşen bu etkileşimin bilimsel yankısı oldukça önemli.

Kaynak: Science News

Yayın: Convergent evolution in biosynthesis of cyanogenic defence compounds in plants and insects

Araştırmacılar, basit bir kimyasal karışımın, kas liflerini, uzuv oluşumunun ilk evrelerindeki hücrelere dönüştürebileceğini bildiriyor.

ACS Chemical Biology dergisinde yer alan araştırmayı gerçekleştiren bilim insanları Darren R. Williams ve Da-Woon Jung deneylerini şöyle özetliyor: “Oldukça basit ve geri dönüştürülebilir bir metotla, fare hücrelerinde uzuv rejenerasyonunun ilk evrelerini yarattık. Hem rejeneratif tıp, hem de kök hücre biyolojisi dallarında önem taşıyan bu bulgu, gelecekte, yara iyileşmesi konusunda ciddi gelişmelerin önünü açabilir.”

Kullandıkları metotlar, olgunlaşmış hücrelerin tekrar vücuttaki herhangi bir dokuyu oluşturabilme potansiyeline sahip pluripotent kök hücrelere dönüşmesi sürecine ışık tutabilir.

Williams ve Jung, söz konusu kimyasal karışımı kullanarak, kas liflerini kas hücrelerine dönüştürmenin yanında özelleşmiş yağ ve kemik hücrelerini de tekrardan kas hücrelerine dönüştürebilmiş. Bu dönüşüm semenderlerin kopan uzuvlarını tekrar çıkarma sürecinin ilk safhalarıyla büyük oranda benzerlik taşıyor.

Kaynak: Science Daily

Yayın: Novel Chemically Defined Approach To Produce Multipotent Cells from Terminally Differentiated Tissue Syncytia

Yedinci duvar kağıdımız: Petri. İndirmek için tıklayın (1920×1200 px)

Bize kısaca kendinizden ve akademik geçmişinizden bahseder misiniz?

Zürih’de doğdum. Zürih ve Lausanne Tıp Fakültesi’nden mezunum. Tıp eğitiminden sonra Zürih Üniversitesi’nin postgraduate araştırma programına girdim. Bu iki sene sürdü. Bundan sonra araştırma alanında daha da ilerlemek ve derinleşmek için MD-PhD (Tıp Hekimi ve Doktora) programına geçtim ve moleküler biyoloji alanında doktoramı da tamamladım. İki senedir postdoc olarak çalışıyorum.

Tıp eğitimi aldıktan sonra moleküler biyolojiye ve apoptoz üzerine yapıyor olduğunuz mevcut araştırmalara nasıl yönlendiniz? Bu karanızı etkileyen faktörler nelerdir?

Bazı tıp dallarında büyük gelişmeler var. Örneğin kalp krizinin ön-tanısı, 20 yıl öncesine kıyasla çok daha iyi. Fakat bazı kanserlerde maalesef bu ilerlemeler çok daha yavaş. Daha çok çalışmaya ihtiyaç duyan bir alan bu! Seçimimi bu ihtiyaç etkiledi.

Apoptoz bir proses olarak, hem bir tümör oluşurken önemli, hem de kanser tedavisinde önemli. Çünkü şu anda kullanılan kanser tedavisi yöntemlerinin çoğu apoptozu aktive eden tedavi mekanizmaları kullanıyor. Yani apoptoz hem kanser oluşumunda, hem  de terapisinde büyük önem taşıyor. Bunu etkileyen moleküler kontrol mekanizmalarını anlamak bence çok temel bir gereksinim.

Science dergisi ile GE Healthcare tarafından 4 kıtadaki en iyi araştırmacılara verilen “2010 yılı Avrupa Kıtası Genç Araştırmacı Ödülü”ne layık görüldünüz. Bu ödülün sizin için anlamı ve kariyerinizdeki öneminden bahseder misiniz?

Esasen kaliteli ve ilginç bir araştırma yapmak her zaman bir ödülden daha önemli, ama tabi ki bu büyük bir onur ve gelecek bilim sorularını cevaplandırmak için büyük bir motivasyon kaynağı. Üstelik, benim profesörüm Michael Hengartner, bu ödülü 1985 yılında alan ilk bilim insanıydı. Böylece hocadan sonra bir öğrencisi almış oluyor.

Kariyerimdeki önemini şu anda söylemek için biraz erken. Ama doğru olan şu ki, bilim dünyasında görünürlük artıyor.

Kanserli hücrelerin neden  ölemediği konusundaki araştırmanızı bize özetleyebilir misiniz?

Bir tümör oluşurken, kan damarları birlikte büyümüyor ve bu yüzden tümörün içinde oksijen emilimi azalıyor.

Bizim araştırma başlangıcında sorduğumuz soru; oksijen azalması apoptozu nasıl etkiliyor idi. Bu soruyu yanıtlamak için iplik solucanı C. elegans ‘ı inceledik. Oksijen azalınca, başka bir program harekete geçiyor ve bulduğumuz bu harekete geçen yeni program apoptozu bastırıyor. Biz bunu yapan yeni bir geni bulduk. Bir adım daha atarak, aynı mekanizmanın insanlardaki melanom hücrelerinde de olduğunu gösterdik.

Sizce bu araştırmanın sonuçlarının, gelecekteki yansımaları nasıl olacak?

Bilimde hiç bir zaman önceden bilemiyor, kestiremiyorsunuz. Bazen hiç kimsenin okumadığı bir yayın, bakarsınız 10 sene sonra biri tarafından okunur ve  meşhur olur. Kimi zaman da çok yankı yapan bir yayın, 2 sene sonra unutulabilir.

Ama tabii ki, bu yeni bulduğumuz apoptozu bloke eden proteine karşı ilaçlar bulunur ve bir gün bazı tümörlere karşı kullanılabilinirse çok iyi olur. Ama temel bilimlerde, kliniğe giden yol hiç de kısa değil ve uzun zaman alabiliyor.

Türkiye’deki akademik ortam ve araştırma koşulları hakkında deneyimleriniz, fikirleriniz nelerdir?

Araştırma hakkında birşey diyemeyeceğim çünkü iç yüzünü tanımıyorum. Ama eminim ki çok yetenekli genç araştırmacılar var Türkiye’de. Yeterince iyi bir araştırma ortamı var mı, bilimsel merak ve eğitim nasıl onu bilmiyorum. Bu kendi içinde başka bir soru zaten.

İntern olarak iki ay Ankara’da çalışmıştım. Tıp ortamını çok sevdim. Takım düşüncesi çok önemli Türkiye’de. Sağlık alanındaki insan gücü ve ortam çok iyi. Yalnız bana öyle geliyor ki bazen insanları gereksiz yere yorarak bunaltabiliyorlar.

Gurur verici bir örnek olarak, yeni mezun veya eğitimine devam etmekte olan biyoloji ve tıp öğrencilerine kariyer tavsiyeleriniz nelerdir?

Çok ilgiliendikleri bir alanı bulmak en önemlisi. Sonra iyi bir bilim ortamı mühim. Açık fikirli insanlar lazım. Ayrıca bilim mutlaka bir takım çalışması gerektirir. Çalıştığınız ortamın katkısı her zaman çok yararlı olabilir ve başarıdaki payı büyüktür. Jim Watson demişti ki: “Her zaman senden daha akıllı insanlarla birlikte çalış.”

Ve tabi çok çalışmak lazım, bir bilim sorusu sorunca bütün varlığınızı ortaya koymanız lazım o soruyu cevaplandırmak için. Açık fikirli olmak, sorgulamak, eleştirel bakış açısı ve eleştirel yaklaşım önemli.

Bu röportaja vakit ayırdığınız için çok teşekkür ederiz!

Ben teşekkür ederim.

Röportaj: Selçuk Can Güven

University of Zurich – Institute of Molecular Life Sciences – Hengartner Lab

General Electric Healthcare’in Ataman Şendöl ile Röportajı (İngilizce)

Hücre biyologları için çığır açıcı nitelikte olan yeni teknik, süpermarketteki barkod okuyucalarına benzeyen, yüksek odaklı süper-ince ışık demetleri kullanarak, hücresel aktiviteleri, henüz gerçekleşirken canlı olarak gözlem imkanı sağlıyor.

“Canlı sistemleri incelerken, lam ve lamel arasındaki ölü bir kaç hücre yerine, o hücreleri doğal ortamlarında ve diğer hücrelerle etkileşim halinde inceleyebilmek çoğu biyoloğun rüyasıdır.” diyen Howard Hughes Medical Institute’den, geliştirici ekibin lideri Eric Betzig, Bessel Beam Plane Illumunation Microscopy adını verdikleri tekniğin, hücrelere zarar vermeden inceleme imkanı vermesiyle, bu rüyaya biraz olsun yaklaşmış durumda.

Mevcut ve geliştirilmekten olan çoğu teknoloji, incelenen yapıların bir enstantanesini yakalayabiliyor. Karmaşık hücresel işlemler söz konusu olduğunda ise bu enstantaneler yetersiz kalmakta. Bu işlemleri canlı olarak 3 boyutlu kaydetmek, pek çok keşfi beraberinde getirme potansiyeline sahip.

Söz konusu mikroskopla kaydedilen, mitoz sırasında kromozomların ayrılması videosunu izlemek için tıklayın.

Kaynak: Popular Science

Chicago Üniversitesi’nden genetik bilimci Anna Di Rienzo’nun raporlarına göre, daha çok güneş radyasyonu alan bölgelerdeki insanlarda, daha verimli serinlemelerini sağlayacak ter bezi geni türevleri olması mümkün.

İnsanlar dünyanın dört bir yanına dağıldığı için, farklı topografik unsurlara, sıcaklıklara, UV radyasyonuna ve patojenlere maruz kalıyorlar. Farklı bölgelerden gelen çok miktarda genetik veriyi analiz eden Di Rienzo ve ekibi, ter bezlerindeki bir proteini üreten gene, sıcak ve güneşli bölgelerdeki insanlarda daha sık rastlandığını buldular.

“Çevresel etkiler, farklı beslenme şekilleri, farklı hastalıklar ve farklı oranda güneş ışığı gibi unsurların hepsi insan genomunu etkileyebilir” diyen Case Western Reserve Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden Peter Zimmerman, bulgular hakkındaki görüşlerine şöyle devam ediyor: “Çevresel faktörlerin etkisinden çok insan genomunun bunlardan ne hızda etkilendiği önemli. Şunu söyleyebilirim ki çok da hızlı değil.”

Di Rienzo ve ekibi,  farklı popülasyonlarda hastalıkların farklı oranlarda görülmesinin altındaki genetik sepepleri belirlemenin, bu hastalıkların genetik tanısına hizmet edeceği görüşündeler.

Kaynak: Science News

Yayın: Adaptation to Climate and Susceptibility Genes for Diseases of Global Significance